2005年9月16日，根據《廣珠城際快軌拱北站、前山站配套設施及拱北東規劃區城市規劃（前期）研究》項目計劃書，珠海站被規劃為綜合交通樞紐站。2009年，廣珠城際鐵路珠海站開始建設。2009年至2011年4月，廣珠城際鐵路珠海站建設長期停滯不前。2010年6月，廣珠城際鐵路珠海站完成各項招投標開始進場施工。2011年1月，廣珠城際鐵路珠海站完成主要的遷改工程。4月，廣珠城際鐵路珠海站全面復工。8月，廣珠城際鐵路珠海站完成土方開挖。2012年1月，廣珠城際鐵路珠海站完成橋梁墩柱和帽梁施工。4月，廣珠城際鐵路珠海站完成地下室主體結構施工 。7月24日，廣珠城際鐵路珠海站主體結構基本完成。12月31日，廣珠城際鐵路珠海站正式開通運營。2014年1月20日，珠機城際鐵路建設開工，起于廣珠城際鐵路珠海站。2016年1月2日，珠機城際鐵路珠海站進站施工。2019年4月30日，珠機城際鐵路珠海站完工。11月，首列動檢車從珠海站開出，珠機城際鐵路一期開始聯調聯試。